| 学院 |
学院下设系、研究所与重点实验室 |
| 航天与材料工程学院 |
由原航天系与应用化学系合建，下设宇航科学与工程系、材料工程与应用化学系、军事航天系、空间技术研究所、“新型陶瓷纤维及其复合材料”国防科技重点实验室和学员大队 |
| 理学院 |
由原应用物理系及应用数学与系统工程系部分专业合建，下设数学与系统科学系、物理系、技术物理研究所和学员大队 |
| 机电工程与自动化学院 |
由原机械电子工程与仪器系及自动控制系合建，学院下设自动控制系、机电系、仪器科学与技术系、自动化研究所、机电工程研究所和学员大队 |
| 电子科学与工程学院 |
由原电子技术系改建，下设电子科学与技术系、信息与通信工程系、综合电子信息系统研究所、精确制导自动目标识别国家重点实验室 |
| 信息系统与管理学院 |
由原应用数学与系统工程系及基础部部分专业合建，下设系统工程系、指挥自动化系、管理系、军事高等教育与国防科技发展战略研究所、C4ISR技术国防科技重点实验室和学员大队 |
| 计算机学院 |
由原计算机系改建，学院下设计算机科学与技术，网络工程两个系；计算机研究所，软件研究所，微电子研究所和网络技术与信息安全研究所四个研究所；并行与分布处理重点实验室国家重点实验室及学员大队和计算机工厂等部门 |
| 光电科学与工程学院 |
由原理学院中光电工程系、定向能技术研究所等分建而成，由光电工程系、光信息科学与技术系、定向能技术研究所、学员大队等单位组成 |
| 人文与社会科学学院 |
2004年6月由原人文与管理学院中社会科学系、科技外语系等分建而成，下设科技外语系、社会科学系、人文科学系、军队政治工作研究所和学员大队 |
| 指挥军官基础教育学院 |
2004年6月组建，主要由国防科学技术大学原工程兵学院、原学员旅与原人文与管理学院军事教育系合并而成 |
| 继续教育学院 |
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